Процесс очистки самогона начинается ещё до его получения. Очистка и осветление браги происходит при помощи бентонита. Этот адсорбент поглощает ионы металлов, а так же под его воздействием дрожжи выпадают в осадок на дно емкости, а брага становится светлой.
В процессе дистилляции браги помимо этилового спирта и воды в самогоне содержатся вредные примеси. Они ухудшают вкус и запах напитка, некоторые из них вредны для здоровья. Существует множество способов очистки самогона. Самый простой и распространенный это использование активированного угля. Он поглощает большинство вредных веществ и именно по этому используется в фильтрах для воды и противогазах.